A mi opinion de novato

El prograama que bajaste posiblemente tenia algun virus y te borro o te oculto los archivos

y aunq lo desistales quedara ahi...

mi consejo es que bajes la version de prueba de kaspersky que es un muy buen antivirus y analices...

pero para mostrar los archivos ocultos debes ir al menu de arriba de la carpeta en Herramientas>opciones de carpetas>ver> y ahi marcas una pocion que dice mostrar archivos ocultos...

Para la proxima antes de ejecutar un .exe puedes tratar de cambiarlo a .rar y ver si no tiene algun archivo que diga autorun o algo asi ya que muchas veces dentro de estos archivos vienen comandos que borran hasta la carpeta windows.... y no son virus en si, son una amenaza bastante simple y peligrosa, espero que te haya servido de algo!

Saludos!