En efecto, el GRUB se desconfigurará y ya no podrás iniciar Ubuntu. No te preocupes, sólo necesitarás el live cd de Ubuntu para reparar GRUB, y de nuevo podrás iniciar windows y Ubuntu.

Básicamente, éstos son los pasos para instalar de nuevo winbugs (sin borrar Ubuntu):

• Creas una partición para windows con GParted (si no lo tienes, lo instalas desde Synaptic), formateada en NTFS (tómate tu tiempo para decidir cuanto espacio necesitas en winbugs)
• Reinicias con el disco de instalación de windows dentro. Inicia tu pc desde el disco.
• En el instalador de windows, selecciona Avanzado (o personalizado, no recuerdo cómo se llama esa opción). Te preguntará dónde quieres instalar, indícale la partición que creaste.
• Cuando termine la instalación, configura winbugs a tu gusto. Inserta el disco de instalación de Ubuntu, y sigue estas instrucciones para reparar GRUB.
• Eso es todo, tendrás tu pc con dos SO funcionando perfecto ;)

Por supuesto, si ya no quieres Ubuntu, todo es tan fácil como seleccionar el modo avanzado, y formatear todo el disco antes de instalar.