A groso modo: esta pasta sirve para transmitir el calor, cuando un chip genera calor, para eliminarlo lo tiene que transmitir a un disipador, esos cacharros llenos de aletas. Y los disipadores transmiten el calor al aire que los rodea, o a tubitos si tienes refrigeración líquida, y de ahí fuera del portatil. Por esto la pasta ayuda para eliminar el calor, pero no te va a solucioar el problema, que tiene que venir de otro lado.

Lo que puedes hacer es limpiar los disipadores, con aire comprimido por ejemplo. Ya que si tienen suciedad acumulada, ésta impide que el calor se 'elimine', puede ser que el sistema de refrigeración te falle por otro lado, mira si el ventilador funciona bien, y las rejillas de salida de aire están libres. Yo tengo un disipador para portátiles externo, que se pone bajo el portátil y tiene 3 ventiladores alimentados por el USB, que aumentan el flujo de aire en la base del portátil, con eso se consigue bajar bastante la temperatura del mismo.

De cualquier modo, es muy probable que el tema esté en los recursos que consume tu portátil, el uso de CPU puede ser muy elevado por diversos motivos. A mí me ocurria con un portátil viejo, por eso me compré la base disipadora, pero también cambié el sistema operativo (me pasé a Ubuntu), con lo cual lo noté mucho. Pero ese mismo portátil necesita más refrigeración para ciertas aplicaciones, cuando reproduzco algún video necesita disipar mucho calor, es un P4 con tarjeta de video intel (no recuerdo cual) integrada en placa base. La memoria también influye, cuanto más mejor.

Ahora tengo un portátil con procesador i3 y 4Gb de memoria.