Vi en un foro a un tipo que tenía un problema igual al tuyo, la solución fue esta (suena bastante lógico):

Cito:

Definitivamente y despues de lo que pusiste, no me queda duda de que es un virus lo que te esta dando problemas, y que tal vez borro algun archivo .dll o .sys o daño añgun archivo y por eso no puede terminar de realizar el proceso de apagado.

Para todos aquellos que no lo sepan, cuando "APAGAMOS" nuestra PC, el Sistema Operativo, sea Windows XP, Vista o 7, comienza a cerrar todos los procesaos que tengamos abiertos en ese momento; primeramemte apaga los procesos de USUARIO (S) que esten activados o ejecutándose y si alguno de esos procesos no has guardado los cambios realizados en un archivo (Word, Excel, etc) te pregunta si deseas guardar los cambios. Es de notar que en este momento cuando te sale esa pregunta, algunas veces el proceso de apagado se suspende hasta que el Usuario da una respuesta o te sale una pantalla conocida por todos de que dice que el proceso no responde y si queremos "FORZAR APAGADO".

Despues de cerrar los procesos de usuario, comienza a cerrar los servicios activos (primeramente los de "Red" y luego los "Locales", para posteriormente continuar cerrando los procesos de "SYSTEM" (Sistema). Segun tengo entendido los ultimos procesos en cerrarse son "svchost.exe" y "winlogon.exe". Algo me dice que se dañaron estos procesos y hay que restaurarlos.

La mejor manera de restaurarlos y que me ha funcionado a mi es la siguiente (al menos un 80% de efectividad): Saco el disco duro y lo meto como esclavo en otra computadora, y lo arranco, si al momento de arrancar me dice que existen errores de disco, ejecuto la utilidad de scandisk. En dado caso que entres normalmente, yo te recomiendo que ejecutes la utilidad de scandisk total y a fondo al disco duro esclavo para que repares sectores o archivos dañados, y tambien que le ejecutes un análisis de virus; recomiendo el ESET o el Kaspersky.

Despues de hacer todo este analisis y show, vuelve a sacar e disco duro esclavo, metelo en tu cmpu normalmente y arráncalo todo de manera normal, una vez que inicie, abre un par de programas y luego apaga la computadora normalmente a ver que sucede, pero parece qie asi se puede resolver el problema si formatear.

En caso de que todo este show anteriormente expresado no funcione, pues formatea la maquina y reinstala todo.