Para probar si solo es el disco duro es tan sencillo como desconectar el disco duro, iniciar desde un LiveCD y darle chicha a ver si algo falla.

Ubuntu tiene una utilidad que ahora mismo no me acuerdo donde esta, viene por defecto con el sistema y se encarga de manejar todo lo referente a discos duros. El caso es que tiene un menu que te da la informacion de SMART, que es basicamente la salud del disco duro.

Yo creo que es el disco duro, utiliza una herramienta que se llama HDDRegenerator, es un LiveCD que si el problema no es grave puede hacer maravillas, te arregla los sectores erroneos, pero tarda bastante, y al fin y al cabo, si el error no ha sido por algo puntual como un corte de la corriente, el disco duro acabara fallando.

Si sigue en garantia yo te recomiendo hacer un backup de lo que puedas y que te lo cambien. Y si no, pues un backup cada poco, y seguir con el hasta que ya no pueda mas.