Si lo unico que tienes que hacer es cambiar el puerto en la configuracion
#Minecraft server properties#Wed May 30 17:30:51 CEST 2012
allow-nether=true
level-name=world
enable-query=false
allow-flight=false
rcon.password=admin
server-port=AQUI PONES UNO DIFERENTE AL QUE TENGA EL OTRO SERVER
query.port=25565
level-type=DEFAULT
enable-rcon=false
level-seed=
server-ip=
max-build-height=256
spawn-npcs=true
debug=false
white-list=false
spawn-animals=true
online-mode=true
pvp=true
difficulty=1
server-name=Unknown Server
gamemode=0
max-players=20
rcon.port=25555
spawn-monsters=true
generate-structures=true
view-distance=10
motd=A Minecraft Server
Si lo unico que tienes que
Si lo unico que tienes que hacer es cambiar el puerto en la configuracion