En mi experiencia haciendo servidores de Minecraft, puedo decir que la forma más sencilla es con Bukkit o con MCPC depende de si quieres usar mods o no.

Si no quieres usar mods, yo recomiendo el servidor Bukkit, tanto si usas plug-ins como si no, mi experiencia me dice que hay menos lags y funciona mejor un servidor Bukkit que el servidor oficial.

Si lo que quieres es usar mods, recomiendo MCPC Plus, que no es más que un servidor Bukkit con Forge instalado, por lo que podrás usar mods y plug-ins.

Sobre la conexión, recomiendo que abras el puerto 25565, es la forma más rápida de hacer la conexión, olvídate de programas como Hamachi y parecidos.

Piensas meter plugins mods y eso? O sólo es un server privado para jugar con tus amigos?
Porque si es lo segundo no necesitas bukkit, con el server que te bajas de minecraft.net vale perfectamente (tu decides si lo dejas para usar con Hamachi, o directo. Yo prefiero sin Hamachi, ya que es más rápido, la pc se carga menos y no configuras nada más que el server).

Lo cree con Hamachi, es bastante efectivo aparte de ser una red cerrada para meter a los que tu quieras. Es muy seguro ya que está cifrado con diversos algoritmos.

Aunque Bukkit te lo recomiendo también, ya que es muy seguro y bastante eficaz.

Un saludo!