Pude arreglar el problema, lo que hice fue formatear el disco duro en fat32, luego en el progama para particionar dividí en 2, una parte de 32gb (para la xbox) y el resto paa la wii. Y la partición de la wii la cambie a ntfs y al conectarla a la xbox, en almacenamiento le puse personalizar, 32 gb y listo se fomateo solo esa paticion :)

Hola sobre el disco duro, as de saber que si lo vas a utilizar como unidad externa de la consola te lo va a tomar entero, pero si es para uso de jtag o rgh con hacer una particion en fat32 te sobra, no necesitas formatear con la consola.
Un saludo espero haberte ayudado.