El tema es complejo y no tanto, según lo que quieras, empezando en plan duro, puedes cogerte linux from scratch, un proyecto que hay para crearte tu propia distro desde 0, la verdad es poco aconsejable, tienes que saber bastante de Linux, conocer la shell, seguramente te tocará compilar... buff, no sé si merece la pena el esfuerzo.

Dejando LFS, hay otras alternativas "menos duras", una muy buena es slax, una distro basada en Slackware en la que todo se añade de forma modular, tú eliges qué modulos quieres meter (aquí se puede ver que tiene muchísimos y clasificados) o puedes crearte tus propios "módulos" de las apliaciones que quieras, y te creas tu propia ISO. Además la información también está en Español

Por último, hay un montón de las llamadas "mini distros", son distros que ya han creado otros y están más orientadas a algún campo en concreto, multimedia, edición de musica, programación, reparación y diagnóstico, auditorías de seguridad. Si buscaras una distro que sea para un campo en concreto, te convendría más tirar de una de éstas, que suelen tener lo que necesitas.

No opino que sea dificil, ni que haga falta saber tanta programación para crear una distribuición.

En mi parte, te recomendaré que en vez de ocupar tiempo creando una distribuición, que cómo bien ha dicho el compañero se puede tardar varios años, es que uses una metadistribuición al estílo Gentoo, que te permitirá adaptar todos los aspectos de optimización sobre el sistema con más facilidad que hacerte tu propia distro adaptada a tus necesidades...