Limpiar los pendrives desde un ordenador infectado es relativamente simple. Yo lo he hecho en varias ocasiones teniendo el avira instalado.

Para limpiarlos con ellos enchufados abres una ventana de MS-DOS (modo administrador si estás en vista) y vas a cada una de las unidades a hacer lo siguiente (pongo los comentarios en lineas que empiezan por REM):

attrib autorun.inf
REM te saldrá una línea con letras mayúsculas, típicamente SHR
attrib -S -H -R autorun.inf
REM tienes que poner un - y cada letra que te haya salido antes
type autorun.inf
REM te saldrán varias lineas llamando a archivos exe o cmd, apuntalas.
del archivo.cmd
REM tendrás que borrar cada archivo de los que te han salido en el type, si te da error al borrar tendrás primero que quitarle los atributos como hemos hecho con el autorun.inf

Una vez limpiados los pendrives tendrás que limpiar el PC con el antivirus, a mi el Avira me ha valido siempre que me he enfrentado a un virus de pendrive (ultima versión con la última actualización).

Adicionalmente cuando termines te recomiendo que desactives la ejecución automática para pendrives (cambiala por preguntar siempre al menos)

Salu2

una copia de seguridad de tus datos en pendribes sin inportar el virus , despues formatea tu pc y reinstala tu SO e instala un antivirus

con eso el antivirus no deberia dejar ke el virus entre desde los pendrives o discos duros