Si el sistema te dice que ejecutes CHKDSK hazle caso, mas que nada solo escaneara errores en tu disco duro y los repara de inmediato. Esa advertencia era muy simple, si te vuelve a pasar pues ejecutas el CHKDSK.

Se recomienda ejecutarlo al menos cada mes CHKDSK y desfragmentar el disco de vez en cuando para no perder rendimiento y con esto mejora la recuperacion de archivos eliminados.

Si no hay un tutorial de mantenimiento de disco, lo hare yo. No estaria mal una pequeña leccion de mantenimiento, aunque en linux solo es necesario escanear el disco en busca de errores ya que EXT no tiene fragmentacion.