Yo he probado los dos métodos, en el de la partición, por configurar mal el Compiz se me descompuso el boot xD

Ya enserio, si apenas te vas a adentrar al mundo de GNU Linux, tienes ganas de probarlo, y sin la más mínima complicación, instalalo desde Wubi, creéme que la difrerencia entre uno y otro método, apenas se nota, y ya si tiempo después te sientes más seguro en Ubuntu, pues ya decides tu sin seguir en Wubi o instalarlo en una partición, pero a mi Wubi no me ha dado problemas, y me agrada tenerlo todo junto, así tengo acceso a mis archivos de Windows desde Ubuntu.

Saludos.